|
Çay’da
(Camellia sinensis (L) O. Kuntze)
5S rDNA Gen Farklılığı ve Varyete Tanımlanmasında Kullanımı
Dharam
Singh ve Paramvir Singh Ahuja
Himalaya
Bio Kaynak Teknoloji Enstitüsü. Hindistan
NRC
Araştırma Bülteni 13 Ocak
2006
Özet
5S rDNA’nın tekrarlanma
oranlarındaki değişkenlik çeşitli ürünlerdeki
filogenetik çalışmalar için
yararlıdır. Southhern Hibridizasyon (hücrelerden DNA
çekerek genomik
değişikliği saptayan teknik) süresince çay (Camellia
sinensis (L) O.Kuntze)
genomundaki 5S rDNA geni nin tekrarlanma değişkenliklerini tespit
ettik.
Spesifik endonükleaz sınırlama ile 5S rDNA’nın
tekrarlanmalarındaki
değişkenlik, 3 çay tipini temsil eden 28 farklı çay
klonunda analiz edilmiştir
(Sau3AI, BamHI ve ApoI). Sonuçlarımızın
net olarak gösterdiği ; çay’da ki 5S rDNA geninin
Assam ve
Kamboçya adlı diğer önemli çay tiplerinden
Çin çayı, Camellia sinensis’i ayırt
etmek için bir moleküler markör olarak
kullanılabileceğidir. Endonükleaz
sınırlamalı analizlerde, çay genomundaki 5S rDNA geninin yoğun
olarak metillenmiş
olduğu da tespit edilmiştir.
Çalışmada analiz edilmiş olan 28
Çay klonu içerisinde Çin varyetlerine ait 5S rDNA
gen tekrarlamalarının
Southern blot yöntemi sonucunda elde edilmiş otoradyogram
görüntüsü.
Southern blot
yöntemi
Bu
yöntemde izole edilen DNA uygun bir restriksiyon enzimi
ile kesilir ve belirli sayı ve uzunlukta DNA frangmentlerinin oluşumu
sağlanır. Agaroz jel elektroforez
öntemi ile jel üzerinde büyüklüklerine
göre birbirinden ayrılan bu fragmentler
önce yüksek pH ile denatüre edilip blot yöntemi ile
nitroselüloz filtre üzerine
geçirilir. 32p (ya da başka bir radyoaktif olmayan
nükleotit
analoğu) ile işaretli denatüre edilmiş ve incelenecek bölgeye
özgü prob, filte
üzerinde tutulan fragmentler ile uygun koşullar sağlanarak
hibridize edilir.
Sonra filtre üzerine bir röntgen filmi konularak otoradyografi işlemi
gerçekleştirilir.
Prob yalnızca kendisine tümleyici bazları içeren DNA
fragmenti ile hibridize
olacak ve otoradyogram sonucu bu bandın üzerinde
gözlenebilecektir.
Kaynak:
|
|